เมื่อมีการสร้างไฟล์ไปเรื่อยๆ อาจจะประสบปัญหามีไฟล์บางไฟล์ที่ไม่ได้ใช้งาน แต่ยังคงเก็บไว้ในเครื่องแม่ข่าย ทำให้เปลืองพื้นที่ หรือลืมว่าไฟล์ด้านใด เป็นไฟล์ล่าสุด วิธีแก้ไขปัญหาเหล่านี้ สามารถใช้คำสั่ง Site, Synchronize โดยมีตัวเลือก ดังนี้

Synchronize เลือกว่าจะตรวจสอบแบบไหน

• Entire 'xxx' Site ตรวจสอบทั้งระบบ
• Selected Local Files Only ตรวจสอบเฉพาะในเครื่องลูกข่าย

Direction รูปแบบการแก้ไข

• Put newer files to remote นำไฟล์ใหม่จากเครื่องลูกไปเครื่องแม่ สามารถสั่งให้ลบไฟล์ที่ไม่ได้ใช้งานจากเครื่องแม่ข่าย
• Get newer files from remoteb นำไฟล์ใหม่จากเครื่องแม่มายังเครื่องลูก
• Get and Put newer files ตรวจสอบไฟล์ใหม่จากเครื่องทั้งสองระบบ แล้วทำการโอนข้อมูลระหว่างกัน